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As moscas respiram através de um sistema de pequenos orifícios, chamados espiráculos, localizados nas laterais do corpo. O ar entra nos espiráculos e viaja através de uma rede de pequenos tubos, chamados traqueias, que se ramificam para várias partes do corpo. O oxigênio se difunde da traqueia para os tecidos da mosca, enquanto o dióxido de carbono se difunde para fora.
Esse sistema respiratório é denominado sistema traqueal aberto e é comum entre os insetos.
Os espiráculos podem ser abertos e fechados, o que permite à mosca controlar o fluxo de ar que entra e sai do corpo.
Isto é importante para manter um equilíbrio adequado de oxigênio e prevenir a perda de água.
As moscas têm uma alta taxa metabólica e requerem muito oxigênio para suprir suas necessidades energéticas. O sistema traqueal aberto permite respirar com eficiência e manter um alto nível de atividade.