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Pelicanos enfrentam vários predadores naturais, particularmente quando jovens ou vulneráveis. Pelicanos adultos são principalmente ameaçados por grandes répteis como jacarés e crocodilos, bem como poderosas aves de rapina incluindo águias, gaviões e corujas.
Ovos e filhotes estão em risco ainda maior, com cobras, coiotes e guaxinins conhecidos por predá-los. Estes predadores moldam comportamento e estratégias de nidificação dos pelicanos na natureza.