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A criação seletiva pode acarretar vários custos potenciais:
1. Diversidade genética reduzida: O melhoramento seletivo pode levar a uma diminuição na diversidade genética dentro de uma população. Limitar o pool de acasalamento selecionando apenas determinados indivíduos pode reduzir a variabilidade dos genes na população, o que pode torná-la mais suscetível a doenças, mudanças ambientais ou outros desafios.
2. Endogamia e problemas de saúde: Indivíduos intimamente relacionados podem ter riscos aumentados de desenvolver doenças genéticas e problemas de saúde devido à endogamia. A endogamia pode resultar da reprodução seletiva, onde indivíduos com características desejadas são repetidamente acasalados entre si.
3. Perda de outras características: Concentrar-se na seleção de características específicas pode levar à perda de outras características valiosas na população. Por exemplo, durante a criação seletiva para aumentar a produção de leite nas vacas, outras características, como a resistência a doenças ou a qualidade da carne, podem ser negligenciadas e potencialmente diminuídas.
4. Preocupações Éticas: A criação selectiva levanta preocupações éticas, especialmente nos casos em que estão envolvidos animais. Os críticos argumentam que pode envolver práticas como abate, inseminação artificial e modificações genéticas que podem comprometer o bem-estar e o bem-estar dos animais.
5. Adaptação Limitada: A criação seletiva pode levar a animais ou plantas que são adequados para ambientes ou finalidades específicas, mas podem não ter capacidade de adaptação para prosperar em condições variáveis ou em ambientes diferentes.
6. Perda de Conhecimento Tradicional e Biodiversidade: No caso da agricultura tradicional ou das práticas indígenas, os esforços de reprodução selectiva por parte das indústrias de grande escala podem prejudicar o conhecimento local, as diversas variedades de culturas e a preservação das raças e dos ecossistemas tradicionais.
7. Custos Econômicos: A criação selectiva envolve frequentemente investimentos significativos, tais como infra-estruturas, tecnologia, profissionais qualificados e programas de criação, que podem ser caros e intensivos em recursos.
É importante notar que os custos e desvantagens específicos da reprodução seletiva podem variar dependendo dos organismos que estão sendo criados, do escopo dos esforços de criação e do nível de considerações éticas e conhecimentos científicos empregados.