Ratões-do-banhado têm vários inimigos naturais:
- Coiotes: Caçam e matam ratões-do-banhado para comer.
- Raposas: Outro predador que caça ratões-do-banhado.
- Corujas: Predadores noturnos que caçam ratões-do-banhado à noite.
- Cobras: Espécies como moccasins-de-algodão e cabeças-de-cobre podem predar ratões-do-banhado.
- Jacarés: Encontrados em muitos dos mesmos habitats e predam ratões-do-banhado.
- Humanos: Caçam ratões-do-banhado por pele e carne.