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Ao contrário dos humanos, jacarés não têm cromossomas para determinar sexo. O género de jacarés bebés, como crocodilos e tartarugas, é determinado pela temperatura de incubação dos ovos. O sexo do feto finaliza-se 7-21 dias após início da incubação. Na natureza, machos predominam: 5 machos para cada fêmea. Existem várias formas de determinar o sexo.
Se estiver perto do ninho, pode saber o sexo antes de nascerem. Temperaturas altas 32-34 °C (90-93 °F) durante incubação resultam em machos; temperaturas baixas 28-30 °C (82-86 °F) produzem fêmeas.
Observe o ninho. Sem termómetro, pode inferir género pela localização. Ninhos em folhas tendem a ser mais quentes — ovos aqui resultam provavelmente em machos. Ninhos em pântano húmido são mais frios — geralmente fêmeas.
Após nascer, determine sexo examinando órgãos genitais. Encontram-se na cloaca, abertura no ventre, visíveis apenas com lupa.
Vire jacaré de barriga para cima. Com pinça, abra cloaca onde estão órgãos. Use lupa iluminada. Se preenchem toda a cloaca, é macho. Órgãos fêmea são metade do tamanho.
Examinar cor dos órgãos na cloaca também indica género. Órgãos rosa-escuro a vermelho-escuro = macho; rosa-claro ou brancos = fêmea.