As baleias geralmente não vivem em recifes de coral. Embora algumas baleias possam ocasionalmente entrar em áreas de recifes de coral para fins de alimentação ou migração, elas são normalmente encontradas em águas abertas de oceanos e mares. Os recifes de coral são ecossistemas marinhos rasos habitados principalmente por vários corais e organismos associados, e fornecem habitats adequados para muitas espécies de peixes, invertebrados e plantas marinhas associadas aos recifes. As baleias, sendo grandes mamíferos marinhos, geralmente preferem águas mais profundas e muitas vezes têm movimentos amplos através de vastas distâncias oceânicas. Algumas espécies de baleias, como a baleia jubarte, podem aproximar-se de áreas de recifes de coral para atividades de reprodução ou alimentação, mas não residem permanentemente em recifes de coral.