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A causa principal é o efeito de fundador, que ocorre quando um pequeno grupo estabelece uma nova população que não representa a diversidade genética completa do grupo original.
Muitas espécies ameaçadas baseadas em zoológicos vêm de pequenas populações selvagens já reduzidas por perda de habitat, caça e exploração excessiva. Quando trazidas para cativeiro, carregam apenas uma fração da sua diversidade genética original. À medida que se reproduzem, esta variação limitada torna-se concentrada, levando a perda de alelos e redução da diversidade genética.
Ao longo do tempo, isto pode reduzir adaptabilidade a mudanças ambientais e aumentar suscetibilidade a doenças e depressão por endogamia. Programas de conservação contrapõem estes efeitos através de reprodução seletiva, gestão populacional e resgate genético para introduzir novo material genético e manter diversidade.