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Coiotes são predadores ápice com poucos inimigos naturais, mas certos animais predam-nos, especialmente jovens/fracos:
Mais comumente, coiotes afetados por atividade humana (perda habitat, atropelamentos, caça), doenças (parvovírus, raiva, cinomose), competição com linces, raposas, cães domésticos.
Apesar de predadores, coiotes altamente adaptáveis e resilientes, prosperam vários ambientes e junto a presença humana.