Linhagem (line breeding) é usada há séculos para melhorar animais domésticos. Raças individuais são geralmente criadas com uso seletivo de linhagem, pois isso pode "fixar" características desejáveis. Porém, deve ser feito com cuidado, pois traços indesejáveis também podem se fixar na linhagem. Para evitar problemas, a maioria evita cruzar indivíduos muito relacionados ou que demonstrem características não almejadas. Se feito cuidadosamente, a linhagem pode ter resultados muito positivos e melhorar muito os animais.
Pesquise as linhagens sanguíneas que deseja usar. Esteja ciente de quaisquer traços negativos que possam se fixar, bem como quais positivos deseja amplificar.
Selecione cuidadosamente os indivíduos para cruzar. Ambos devem ser descendentes diretos do ancestral cujos traços deseja fixar. Ambos devem ser exemplos ideais dos traços almejados. Não selecione indivíduos com defeitos, pois podem aumentar de gravidade na próxima geração.
Cruze os indivíduos selecionados. Examine a prole cuidadosamente para possíveis defeitos antes de continuar seu programa de reprodução.
Lembre-se de incluir cruzamentos externos ocasionais (outcrossing), ou cruzamento com animais não relacionados, para evitar que seu pool gênico disponível encolha demais.