Nitrogênio é eliminado do corpo animal principalmente através de excreção. Principais vias incluem:
Rins filtram resíduos nitrogenados da corrente sanguínea e produzem urina. Ureia, formada no fígado durante metabolismo de proteínas, e creatinina, produzida da quebra muscular, são principais componentes nitrogenados da urina.
Parte do nitrogênio sai do corpo em resíduos sólidos. Fibra não digerida, matéria bacteriana e compostos nitrogenados não absorvidos são excretados pelo trato digestivo.
Pequena quantidade de nitrogênio pode ser perdida pela exalação. Amônia é produzida durante metabolismo de proteínas mas geralmente convertida a ureia no fígado; apenas minúscula fração pode escapar pelos pulmões.
Urina é geralmente a via primária de excreção de nitrogênio, especialmente em animais com dietas ricas em proteínas.