Os protozoários, ou protistas semelhantes a animais, habitam ambientes diversos:
- Água doce: Lagos, lagoas, rios e riachos (ex.: amebas, paramecios).
- Marinho: Água do oceano, sedimentos e superfícies de organismos marinhos (ex.: diatomáceas, dinoflagelados).
- Solo: Contribuem para a ciclagem de nutrientes e decomposição (ex.: amebas, flagelados, ciliados).
- Relações simbióticas: Vivem no sistema digestivo de animais auxiliando a digestão.
- Habitats parasitários: Residem no sangue, trato digestivo ou tecidos do hospedeiro, às vezes causando doenças (ex.: Plasmodium causador da malária).
Os protozoários prosperam em praticamente todos os habitats aquáticos e terrestres úmidos da Terra.