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Se os animais de fazenda transgênicos encontrarem populações selvagens, eles podem ter efeitos extremamente desagradáveis no ecossistema natural. Um exemplo disso pode ser o cruzamento, onde o material genético de animais transgênicos entra em populações selvagens. Isso pode alterar o pool genético das populações selvagens e, eventualmente, levar a impactos negativos em sua aptidão e adaptabilidade. Animais transgênicos também podem transportar patógenos ou substâncias nocivas que podem afetar animais selvagens quando entram em contato.