A maricultura pode prejudicar o ambiente através de poluição por resíduos de peixes e comida não consumida, destruição de habitat, propagação de doenças, competição com peixes selvagens por alimento e recursos, e acumulação de metais pesados e outras toxinas.
Operações de peixes cultivados são vulneráveis a doenças. Problemas comuns incluem infeções bacterianas, virais, parasitárias e fúngicas, que podem causar perdas económicas graves.
Peixes cultivados que fogem podem cruzar com populações selvagens, reduzindo diversidade genética. Também podem competir com peixes selvagens por alimento e habitat.
Instalar e operar uma maricultura é caro. Custos incluem ração, equipamento, mão-de-obra, licenças e seguros.
Peixes cultivados devem competir com marisco selvagem. Esta concorrência pode baixar preços e dificultar que negócios de maricultura permaneçam rentáveis.
Alguns peixes cultivados podem conter altos níveis de contaminantes como metais pesados ou pesticidas, que podem representar riscos para consumidores.