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Coiotes são predadores de topo em muitos ecossistemas, mas podem ser predados, especialmente quando jovens ou vulneráveis.
Lobos, ursos e pumas podem predar coiotes.
Linces, grandes rapinas como águias-reais, e às vezes outros coiotes podem predá-los.
Coiotes são caçados para controle populacional e proteger gado.
Doenças e veículos também ameaçam coiotes, embora predação não seja frequente devido à sua adaptabilidade.