Sarcodíneos habitam uma variedade de ambientes:
- Ambientes marinhos: Amoebas e foraminíferos são abundantes nos oceanos e contribuem para biodiversidade marinha.
- Corpos de água doce: Amoebas e amoebas testadas vivem em lagoas, lagos, riachos e outras águas interiores.
- Ambientes terrestres úmidos: Amoebas nuas e bolores limosos habitam solo úmido, serapilheira de floresta e madeira em decomposição, onde decompõem matéria orgânica e reciclam nutrientes.