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Predadores: Grandes predadores como onças-pintadas e sucuris caçam jacarés jovens.
Humanos: Caçam jacarés por pele, carne e ovos; algumas espécies atacam humanos que entram em seu território.
Doenças: Infecções bacterianas, virais e parasitárias podem ser fatais ou causar problemas de saúde a longo prazo.
Perda de habitat: Desenvolvimento e poluição destroem habitats de jacarés.
Mudanças climáticas: Elevação do nível do mar pode inundar ninhos, enquanto mudanças de temperatura e chuva afetam disponibilidade de alimento e água.