Cavalos Nokota exibem variedade de cores de pelagem:
- Preto: Cor mais comum.
- Marrom: Raro, mas ocorre naturalmente.
- Grullo: Variação do gene dun, cinza-rato com pernas amarronzadas e lista dorsal.
- Dun: Pelagem amarelada com marcas primitivas (lista dorsal).
- Baio (Bay): Marrom-avermelhado; Nokota baios chamados "claybanks".
- Dun vermelho/sorrel: Variação dun resultando em tom castanho-avermelhado.
- Rosilho (Roan): Mistura de pelos coloridos e brancos, aparência cinza ou avermelhada com toques da cor base.
- Preto enfumaçado (Smokey black): Variação dun mais escura, marrom escuro/preto com pontas claras na crina, cauda, pernas e barriga.