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Química de aquário pode parecer complicada, mas ecossistema fechado é gerenciável. Aquário de água doce contém poucas substâncias químicas relevantes. Além da água, vários compostos orgânicos e inorgânicos ciclam no sistema.
Crítico para viabilidade. Moléculas de O2 livres (não ligadas a nitrogênio, amônia ou água) dissolvidas na água. Alguns peixes (bettas, guramis) toleram baixo oxigênio. Outros (paulistinhas/zebra danios) precisam água rápida com alto O2. Filtros, bombas de ar e plantas vivas aumentam O2 dissolvido.
Nutriente orgânico altamente tóxico para quase todos peixes de água doce. Subproduto do metabolismo dos peixes e decomposição de matéria orgânica. Em tanque novo (ciclo do nitrogênio não estabelecido), nitrito sobe perigosamente. Só trocas parciais frequentes evitam problema até o tanque "ciclar" com bactérias adequadas.
Bactérias especializadas convertem nitrito em nitrato, bem menos tóxico. Maioria das espécies prospera abaixo de 20 ppm; sobrevivem até 60 ppm. Plantas vivas absorvem nitrato como nutriente chave para crescimento e fotossíntese.
Outro nutriente orgânico. Baixa toxicidade direta, mas causa explosão de algas. Se houver florações de algas, fosfato alto é provável causa. Água da torneira, decomposição de plantas e ração introduzem fosfato. Embora apoie plantas bentônicas, níveis detectáveis não são necessários para saúde do aquário.
Inimigo nº1 do aquarista e causa comum de morte em água doce. Surge da decomposição de matéria orgânica. Níveis altos causam odor de urina perceptível, seguidos de morte rápida dos peixes. Prevenção: trocas parciais frequentes, especialmente nas fases iniciais do estabelecimento do ecossistema.