Cavalos-marinhos pigmeus são carnívoros que se alimentam principalmente de zooplâncton, incluindo copépodes, anfípodes e larvas.
Sugam minúsculas presas através de seus longos focinhos. São frequentemente comedores seletivos especializados em certos zooplânctons dependendo do habitat. Seu tamanho minúsculo e associação próxima com corais específicos tornam o estudo detalhado da dieta difícil.