Botos enfrentam ameaças de peixes grandes, crocodilos, jacarés, onças-pintadas e outros predadores aquáticos, especialmente quando jovens ou debilitados.
Humanos são a ameaça mais significativa. Pesca excessiva e captura acidental (bycatch), destruição de habitat por barragens e poluição, e caça ilegal colocam botos em perigo. Espécies como o boto-cor-de-rosa (Amazônia) e o boto do Ganges são particularmente vulneráveis.
Proteger botos exige enfrentar as ameaças complexas e interconectadas que enfrentam.