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Peixes-sapo dependem de recifes de coral, entre os ecossistemas mais ameaçados da Terra. Poluição por derramamentos de óleo, esgoto, águas pluviais e escoamento agrícola pode sufocar recifes, bloquear luz solar e introduzir químicos tóxicos que prejudicam vida marinha e disparam reprodução.
Elevação da temperatura oceânica causa branqueamento e morte de corais, enquanto eventos climáticos extremos podem destruir fisicamente estruturas de recife. Acidificação oceânica enfraquece ainda mais corais dificultando construção e manutenção de esqueletos.
Sobrepesca disrompe cadeias alimentares e pode levar a dano de recifes por pastoreio aumentado de herbívoros. Peixes-sapo também podem ser capturados diretamente para alimentação ou acidentalmente como bycatch em redes e arrastões.
Turismo não regulado danifica recifes por pisoteio, ancoragem por mergulhadores/snorkelers e degradação geral de habitat.