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Baleias-minke são encontradas em todos os oceanos exceto Oceano Ártico. No Hemisfério Norte, habitam Atlântico Norte e Pacífico Norte, variando da Groenlândia e Islândia ao Mediterrâneo e do Alasca ao Japão. No Hemisfério Sul, ocorrem no Oceano Antártico ao redor da Antártida e no Atlântico Sul e Pacífico Sul.
Preferem águas mais frias e são frequentemente encontradas perto de costas, tornando-as acessíveis para observação de baleias. Sua distribuição é influenciada por temperatura da água, disponibilidade de comida como krill, e migrações reprodutivas.