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Tubarões-baleia encontram-se em águas tropicais e subtropicais quentes por todo o globo.
São altamente migratórios, percorrendo vastas distâncias em mar aberto. Comummente vistos no Pacífico Ocidental (Filipinas, Indonésia, Taiwan), Pacífico Oriental (México, Galápagos), Oceano Índico (Seicheles, Maldivas, Sri Lanka) e Oceano Atlântico (Belize, Honduras, Mar do Caribe).
São mais abundantes em regiões com altas concentrações de plâncton, sua principal fonte de alimento. Tubarões-baleia não confinam-se a área geográfica específica e podem ser encontrados em várias localizações dependendo de disponibilidade de plâncton e temperatura da água.