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Os peixes dourados podem contrair várias doenças, especialmente parasitárias e fúngicas. Mas são muito menos propensos a adoecer se os donos fornecerem condições de água saudáveis e tiverem cuidado para não introduzir peixes infetados. Embora casos não tratados ou graves possam matar, muitas doenças têm cura.
O íctio, abreviação de Ichthyophthirius multifiliis, infeta peixes dando-lhes pontos brancos. Este parasita fixa-se às guelras e pele do peixe dourado danificando tecido. O peixe pode ficar letárgico e ficar no fundo do aquário, segundo a Universidade Purdue. Para curar íctio, donos podem colocar químicos comercialmente disponíveis na água. Segundo a Universidade da Flórida, deve tratar o mais cedo possível, pois peixes com surtos graves podem morrer durante tratamento.
O parasita Chilodonella infeta peixes de água doce, incluindo peixes dourados. Segundo a Universidade da Flórida, peixes com chilodonella secretam muco excessivo e agem irritados. O organismo é visível ao microscópio e pode ser tratado facilmente com químicos comerciais. Sem tratamento, o peixe pode morrer.
A branquiomicose é doença fúngica também chamada "podridão das guelras". Peixes selvagens e de estimação, incluindo peixes dourados, podem contrair. O tecido das guelras começa a morrer e peixes infetados tendem a ir à superfície engolir ar. A melhor cura é fornecer condições ideais de aquário, pois a branquiomicose geralmente começa em más condições, segundo a Universidade da Flórida. Após infeção, formalina e sulfato de cobre ajudam a tratar, embora todo o aquário e conteúdo devam ser sanitizados.
A saprolegníase afeta peixes e ovos. Este fungo cresce em ovos e partes feridas dos peixes, segundo a Universidade da Flórida. Parece algodão e aparece no peixe ou ovos. Melhor prevenir que tratar infeção existente. Ocorre menos em aquários com boa circulação e água limpa. Donos podem prevenir mantendo peixes dourados longe de peixes agressivos que os possam ferir. Uma vez instalada a infeção, pode tratar com químicos comerciais, incluindo formalina e soluções de povidona-iodo.