Nem todo crocodilo vive em água salgada. Algumas espécies são bem adaptadas a ambientes marinhos e de água doce, enquanto outras são restritas a habitats de água doce.
Crocodilo de água salgada (Crocodylus porosus) e crocodilo americano (Crocodylus acutus) prosperam em água salgada, salobra e doce.
Crocodilo de água doce (Crocodylus johnstoni) e crocodilo do Orinoco (Crocodylus intermedius) vivem apenas em rios, lagos e pântanos. Não são adaptados a alta salinidade e não sobreviveriam no oceano.