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Peixes tropicais podem adoecer por uma variedade de distúrbios como infecções ou parasitas. Felizmente, a maioria dos distúrbios em aquário tropical são identificáveis e tratáveis. Cada tipo de peixe tem condições ambientais ideais, como pH alvo ou temperatura, que ajudam na prevenção e tratamento de distúrbios de saúde. Muitos distúrbios de aquário são causados por má qualidade da água. Alguns são totalmente específicos a uma espécie, como Doença do Tetra-Neon. Medicar aquário requer supervisão especialista porque alguns medicamentos podem prejudicar outros peixes, corais ou plantas.
Sinais comuns de doença incluem nadadeiras recolhidas, letargia, perda de apetite, natação no lugar, coceira e manchas ou crescimentos. Coceira é frequentemente causada por infecção parasitária. Protrusão do globo ocular, comumente chamada olho-saltado, é sintoma geral de distúrbio pois pode ser causada por infecções bacterianas, virais ou parasitárias, bem como variedade de outros problemas como doença da bolha de gás, causada por supersaturação de nitrogênio de bombas de ar de alta potência.
Podridão das nadadeiras é infecção bacteriana comum onde nadadeiras aparecem desfiadas, esfarrapadas ou diminuindo. Hidropsia também é doença bacteriana comum em aquários tropicais e pode infectar o tanque todo. Segundo site Flippers and Fins, manchas vermelhas ou estrias perto da base das nadadeiras peitorais são primeiros sinais da infecção bacteriana septicemia. Peixes feridos em brigas ou raspando em recifes são suscetíveis a infecção no local da lesão. Tratamentos antibióticos na forma de ração aliviarão a maioria das infecções bacterianas.
Duas infecções parasitárias comuns em peixes tropicais são relativamente similares em sintomas e tratamentos: Ichthyophthirius multifiliis (Íctio) e Oodinium limneticum (veludo). Íctio aparece como pontos brancos, às vezes elevados, e veludo parece mais uma película branca cobrindo o peixe. Ambas causam coceira contra decorações ou paredes do aquário. Tratamentos medicamentosos para íctio e veludo estão disponíveis comercialmente. Tratamentos alternativos incluem alimentar peixes com alho, adicionar sal, trocas de cascalho ou usar peixes limpadores.
Crescimentos felpudos ou algodonosos num peixe indicam infecção fúngica, geralmente causada por espécies do fungo Saprolegnia. São raras, pois Saprolegnia prefere aquários com água estagnada. Tratamentos para infecções fúngicas estão disponíveis comercialmente. Columnaris é infecção bacteriana em peixes de água salgada frequentemente confundida como fúngica e erroneamente chamada fungo da boca.
Segundo site Badman's Tropical Fish, infecções virais em peixes frequentemente resultam em pequenos tumores semelhantes a mini-couve-flores. Aparecem frequentemente ao longo das linhas laterais do peixe ou perto das nadadeiras. Infecções virais são mais comuns em peixes com sistema imunológico enfraquecido por má qualidade da água, estresse ou outros distúrbios. Tumores de infecções virais às vezes desaparecem sozinhos se sistema imunológico melhorar. Tumores cancerosos também podem ser encontrados em peixes, que podem ou não ser removidos cirurgicamente. Segundo site Aquarium Life, infecções virais em peixes são raras.