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A maioria das espécies de peixes-unicórnio se alimenta principalmente de algas, que encontram crescendo em rochas, corais e outras superfícies planas — podendo até consumir algas crescendo no casco de uma tartaruga. Como coletam alimentos raspando-os de superfícies como estas, possuem dentes serrilhados que lhes permitem retirar o alimento com mais eficiência. Os peixes-unicórnio vivem principalmente em águas rasas, onde podem acessar facilmente as algas crescendo em superfícies do fundo, e se alimentam em grupos para se protegerem e protegerem seu alimento de outros comedores de algas.
A anatomia do peixe-unicórnio ajuda a determinar como se alimentam. Por exemplo, como esses peixes recolhem e comem algas raspando-as de rochas e outras superfícies, seus olhos ficam tipicamente altos na cabeça e suas bocas posicionadas baixo. Isso permite que raspem com os dentes sem abrasar os olhos nas superfícies que estão raspando. As espécies que desenvolvem chifres, por outro lado, têm capacidades de raspagem significativamente impedidas, e essas espécies desenvolvem dietas alternativas que não exigem as mesmas técnicas de raspagem de algas. Por exemplo, alimentam-se mais de zooplâncton e algas em superfícies que podem acessar apesar de seus chifres.
Peixes-unicórnio tanto com quanto sem chifres se alimentam de zooplâncton — na verdade, 12 espécies comem zooplâncton quase exclusivamente. Zooplâncton são criaturas relativamente pequenas e derivantes, como krill, que geralmente são comidas em massa. Os peixes-unicórnio geralmente focam em tipos maiores, como larváceos e quetognatos. A maioria dos peixes-unicórnio com chifres se alimenta de zooplâncton até certo ponto, porque suas opções de algas são limitadas por suas protuberâncias frontais — seus chifres impedem que raspem algas firmemente aderidas às rochas.
Enquanto cardumes de peixes-unicórnio patrulham águas oceânicas rasas procurando zooplâncton e algas, podem se alimentar oportunisticamente dos resíduos de outras criaturas. Os peixes-unicórnio nadam estrategicamente por baixo e atrás de outros cardumes de peixes para consumir suas fezes. Ao seguir apenas peixes predadores e comer seus resíduos, consomem alguns nutrientes deixados nas presas digeridas e eliminadas.