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A maioria dos fósseis é composta de minerais como calcita, sílica ou pirita. Esses minerais substituem o material orgânico original ao longo do tempo quando organismos são enterrados em sedimentos e expostos a água subterrânea rica em minerais. Em outros casos, cinzas vulcânicas quentes ou lava podem vaporizar material orgânico e deixar um molde mineral. Alguns fósseis são preservados em âmbar, poços de betume ou turfeiras.