Peixes-voadores enfrentam predadores tanto no ar quanto na água:
- Aves: Gaivotas e fragatas alimentam-se de peixes-voadores que saltam fora d'água.
- Golfinhos e Botos: Mamíferos marinhos caçam peixes-voadores próximo à superfície.
- Atuns e Peixes-Espada: Peixes predadores que se alimentam de peixes-voadores na superfície oceânica.
- Tubarões: Tubarões-mako e azuis são conhecidos por predar peixes-voadores.
- Marlins: Nadadores rápidos que usam seus longos bicos para golpear e capturar peixes-voadores.
- Outros Peixes Grandes: Alguns atuns e xaréus podem ocasionalmente se alimentar de peixes-voadores.
- Lulas: Algumas espécies de lulas usam tentáculos para capturar peixes-voadores.
Diferentes espécies de peixes-voadores podem ter predadores distintos baseados em seus habitats e distribuição específicos.