Ameaça principal é destruição e fragmentação de habitat de floresta tropical para exploração madeireira, agricultura e desenvolvimento.
Onças-pintadas são caçadas por pele, carne e dentes, e podem ser mortas em conflitos com fazendeiros por gado.
Temperaturas crescentes tornam habitats tropicais menos adequados para onças-pintadas.
Onças-pintadas podem contrair doenças de animais domésticos como cães e gatos, que podem ser fatais.