Hamsters macho e fêmea parecem semelhantes à primeira vista. Não têm diferenças óbvias de cor como aves de estimação ou tamanho como outros roedores como ratos. Naturalmente, útil saber sexo ao nomear hamster, e pode influenciar comportamento e risco de doenças. No caso de hamsters anões, que devem ser mantidos em pares ou grupos pequenos, crucial saber sexo. Situação de comprar duas fêmeas que acabam sendo macho e fêmea geralmente resulta em filhotes, que não são fáceis de doar.
Genitália externa de hamsters é discreta e difícil de ver. Para sexar, pegue e vire de cabeça para baixo. Fêmeas têm dois furinhos minúsculos bem juntos perto da cauda. Machos também têm dois furinhos — pênis retrai — mas mais afastados, quase 1,3 cm em sírios. Também têm testículos perto do corpo, que podem retrair. Hamsters anões machos têm glândulas odoríferas na barriga, aproximadamente onde seria umbigo em humanos. Fêmeas têm mamilos correndo dos dois lados da barriga, mas muito difíceis de ver, especialmente em anões ou sírios de pelo longo.
Recomenda-se comprar hamsters de criador ou abrigo de animais, e estes saberão o sexo. Se planeja pegar de outro lugar, como amigo ou vizinho, precisará sexar. Funcionários de pet shop podem não saber sexar hamsters, então sempre aconselhável checar você mesmo, mesmo que insistam que tanque só tem machos ou fêmeas. Com sírios, pode esperar amadurecer e processo fica mais fácil se inseguro. Não há risco de hamster solitário reproduzir. Com anões, pode precisar ajuda. Clube de roedores local pode auxiliar. Também pode valer levar todos ao veterinário para check-up inicial e sexagem.
Enquanto efeitos de sexo em risco de doenças são bem conhecidos em animais bem estudados como ratos e pets maiores como gatos, cães e coelhos, muito menos se sabe sobre hamsters. Fêmeas parecem mais propensas a cânceres, principalmente cânceres uterinos.
Evidência anedótica, que não é prova, sugere fêmeas passam mais tempo acumulando comida e fazendo ninhos e fazem esforços mais determinados para fugir. Estudos científicos mostram diferenças claras no comportamento social de machos e fêmeas. Por exemplo, machos permanecem submissos se perdem luta com outro macho por muito mais tempo que fêmeas, que podem ser submissas brevemente ou nem um pouco.