Casais de águia-pescadora constroem ninhos grandes e robustos de galhos e detritos, geralmente em árvores altas, penhascos ou estruturas artificiais perto d'água. Ambos participam: machos trazem material, fêmeas organizam.
Fêmeas põem 2-4 ovos e incubam principalmente por 35-45 dias enquanto machos trazem comida ao ninho.
Filhotes são altriciais, totalmente dependentes. Ambos alimentam com peixe, e a fêmea aquece-os sob as asas.
Conforme crescem, ambos caçam peixes e rasgam em pedaços pequenos para dar diretamente aos filhotes.
Adultos incentivam filhotes a bater asas trazendo comida mais alto. Eventualmente, filhotes fazem primeiros voos com adultos por perto.
Filhotes emplumam aos 50-70 dias e continuam dependendo dos pais por mais algumas semanas. Ao tornarem-se independentes, dispersam para encontrar próprios territórios reprodutivos.
Pais de águia-pescadora mostram dedicação e trabalho de equipe notáveis na criação dos filhotes.