Perda de habitat: A principal causa do perigo do porco pigmeu é a perda de habitat. As suas pastagens e zonas húmidas nativas foram convertidas para agricultura, urbanização e outros projectos de desenvolvimento. Como resultado, a área de distribuição dos suínos tornou-se fragmentada e reduzida.
Caça e captura: Porcos pigmeus são caçados por sua carne e pele. Também são capturados para o comércio de animais de estimação, por serem considerados animais exóticos. A caça e a captura contribuem ainda mais para o declínio da sua população.
Competição com animais domésticos: Nas áreas onde os porcos pigmeus vivem próximos dos seres humanos e do seu gado, enfrentam competição por alimentos e recursos. Os animais domésticos também podem transmitir doenças que podem ser fatais para os porcos pigmeus.
Endogamia e Diversidade Genética: Devido ao seu pequeno tamanho populacional e fragmentação, os porcos pigmeus correm o risco de endogamia. A endogamia pode levar a problemas de saúde e à redução da diversidade genética, tornando a população mais suscetível a doenças e mudanças ambientais.
Esforços de conservação: Organizações conservacionistas e agências governamentais estão trabalhando para proteger o porco pigmeu e seu habitat. Isto inclui o estabelecimento de áreas protegidas, a implementação de medidas anti-caça furtiva e a sensibilização para a importância da conservação desta espécie única.