O Rato-canguru-gigante está ameaçado devido à perda e fragmentação de habitat por urbanização e espécies invasoras, predação e competição de animais introduzidos, mudança climática e doenças como peste bubônica.
Outras ameaças incluem desenvolvimento de petróleo e gás e poluição. Esforços de conservação focam em proteção de habitat, monitoramento populacional e educação comunitária.