Lesmas-do-mar enfrentam numerosas ameaças à sua sobrevivência, incluindo:
Desenvolvimento costeiro, dragagem, poluição, alterações climáticas e pesca podem destruir ou degradar habitats. Aquecimento e acidificação dos oceanos prejudicam fisiologia e reprodução de lesmas-do-mar.
Predadores naturais como peixes, aves e caranguejos predam lesmas-do-mar. Competição por alimento, sobrepesca para uso comercial, parasitas, doenças e poluição de escoamento industrial e agrícola ainda mais as põem em perigo.
Atividades humanas como mergulho recreativo e comércio de animais de estimação também podem perturbar ou remover lesmas-do-mar dos seus ambientes. Conservação requer proteção de habitat, controlo de poluição, pesca sustentável e consciencialização pública.