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Aves e répteis partilham muitas características. O Museu Hooper explica que são estruturalmente muito semelhantes, exceto pela capacidade de voo das aves e pelas adaptações que lhes permitem voar. O site Canada's Aquatic Environments indica que as aves evoluíram a partir de répteis, o que pode explicar essas semelhanças.
Segundo o Canada's Aquatic Environments, tanto aves como répteis possuem apenas um osso do ouvido médio, enquanto os mamíferos têm três.
Aves e répteis têm ovos com o mesmo tipo de membranas. As crias de ambos os grupos começam a vida com um dente especial — o dente de incubação — que os ajuda a romper a casca do ovo.
A Northern Illinois University explica que aves e répteis possuem corações com um arco aórtico sistémico direito, enquanto os mamíferos têm um arco aórtico sistémico esquerdo.
A estrutura das mandíbulas de aves e répteis é idêntica. Segundo o Canada's Aquatic Environments, ambos têm mandíbulas compostas por cinco ossos fundidos. Esta estrutura difere dos mamíferos, que possuem mandíbulas formadas por um único osso.
Segundo a Northern Illinois University, tanto aves como répteis possuem escamas. Nas aves, as escamas encontram-se nas patas e pernas; nos répteis, cobrem todo o corpo. Os mamíferos, por sua vez, não têm escamas.
Aves e répteis partilham características cranianas semelhantes no que diz respeito às estruturas que suportam os olhos. Segundo a Northern Illinois University, ambos possuem anéis escleróticos — anéis que circundam os olhos e lhes dão suporte.