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Moscas contribuem positivamente para ecossistemas:
Muitas moscas (sírfidas, moscas-das-flores) transferem pólen entre flores alimentando-se de néctar/pólen, apoiando reprodução vegetal e diversidade genética.
Algumas moscas-das-frutas ingerem sementes que passam intactas pelo sistema digestivo, dispersando-as nas fezes.
Servem de alimento para aves, aranhas, répteis, anfíbios — sustentam teias alimentares.
Como decompositoras, decompõem matéria orgânica morta, retornando nutrientes ao ambiente.
Algumas moscas parasitam ou predam pragas de insetos na agricultura.
Moscas-das-frutas (Drosophila) são organismos-modelo em genética e biologia.
Nota: Nem todas moscas são benéficas; algumas são pragas ou vetores de doenças — manejo integrado de pragas é importante.