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Todos os Dogues Alemães têm pelagem curta, fácil de cuidar, mas estas apresentam-se em muitas cores diferentes. Os criadores de Dogue Alemão costumam dedicar-se a reproduzir apenas uma cor, pelo que cães de uma cor podem ter problemas de saúde não vistos em cães de outras cores, segundo a "Enciclopédia das Raças de Cães". O Clube do Dogue Alemão da América reconhece apenas quatro estirpes genéticas de cores de pelagem.
Ambas as cores são causadas pelo mesmo gene. O fulvo é uma cor dourado-acastanhada com a cara preta. O tigrado tem o corpo dourado-acastanhado com a cara preta e finas riscas pretas, por vezes chamadas de "riscas de tigre". Este é o grupo de cores mais comum nos Dogues Alemães. O Clube do Dogue Alemão da América só regista cachorros fulvos e tigrados se o pai e a mãe forem fulvos ou tigrados.
A única raça de cão que apresenta o padrão de cor arlequim é o Dogue Alemão, segundo o Clube do Dogue Alemão da América. A pelagem base é branca com pequenas manchas de forma irregular, pretas ou cinzentas. Manchas de outras cores aparecem em Dogues Alemães arlequim, mas contam como faltas para juízes de exposição. Os arlequins são propensos a surdez num ou ambos os ouvidos. Os mantos, que anteriormente se enquadravam numa classificação chamada coloração Boston, têm o padrão holandês visto em coelhos e roedores de estimação. Têm o corpo preto com, idealmente, uma "babete" branca de uma risca no nariz, patas dianteiras brancas, peito e uma sela ao redor dos ombros. No entanto, alguns Dogues Alemães têm o corpo preto e manchas brancas aleatórias. Os pretos de linhagem arlequim são Dogues Alemães pretos com um ancestral de cor arlequim.
Este é o grupo de cores mais raro e com o menor pool genético dos Dogues Alemães. Os genes são semelhantes, pelo que cachorros pretos podem nascer em ninhadas mesmo que ambos os pais sejam azuis. O azul aparece como um cinzento-escuro aço por todo o corpo. O preto de linhagem azul tem o mesmo aspeto de um preto, apenas com pelo menos um progenitor azul.
O corpo inteiro de um Dogue Alemão preto é idealmente preto brilhante, mas frequentemente nascem com manchas brancas e não podem ser expostos em competições. Não pode haver outros Dogues Alemães de outras cores no pedigree para o cão ser registado como preto.
Esta cor não é reconhecida pelo Clube do Dogue Alemão da América, embora apareça em Dogues Alemães de raça pura. Os seus narizes podem ser pretos ou rosados. O branco é causado pelo gene merle. Os Dogues Alemães brancos são o tipo de cor mais propenso a surdez ou problemas de visão, mas nem todos terão estes problemas de saúde, segundo o Dogue Alemão Rescue.