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Certos problemas de saúde podem resultar em ninhadas menores. Por exemplo, deficiências tiroideias podem resultar em menos óvulos libertados, gerando ninhada menor. O background genético da fêmea também é importante, pois a genética desempenha papel enorme na reprodução. Consanguinidade em cães pode resultar em ninhadas menores. Outras doenças que afetam o tamanho da ninhada incluem anomalia de Pelger-Huet, distocia e micoplasma T-strain.
A idade dos reprodutores afeta o tamanho da ninhada. Não aponta apenas para cães velhos. Geralmente, tanto os cães mais novos como os mais velhos produzem ninhadas menores, mas não é garantia. Para muitos cães, a primeira ninhada é pequena, mas as seguintes aumentam de tamanho. Por volta dos 5 anos da fêmea, o tamanho da ninhada começa a diminuir novamente.
Nem sempre a fêmea é a causa da ninhada pequena. Problemas de saúde nos machos, como deficiência tiroideia, podem resultar em contagem de espermatozoides reduzida. Estas contagens baixas traduzem-se em ninhadas menores na fêmea fecundada. Além disso, à medida que o macho envelhece, produz naturalmente menos espermatozoides viáveis, tendendo a ser mais acentuado a partir dos 6 anos.
Raças menores tendem a produzir ninhadas menores, tal como raças maiores produzem ninhadas maiores. Por exemplo, um Labrador pode ter 5 a 10 filhotes, enquanto um Yorkshire Terrier pode ter apenas 2 a 5. Embora 5 filhotes sejam possíveis em cães pequenos como Yorkie ou Chihuahua, um estudo da Crown Partners e Royal Canin descobriu que 80% das ninhadas destas raças produzem geralmente apenas 4 filhotes ou menos.
Os embriões também podem causar ninhada menor. É possível que mais embriões estivessem presentes nalgum momento da gestação, mas foram reabsorvidos por várias razões. Por exemplo, problemas no desenvolvimento podem resultar na morte do embrião, causando reabsorção. Estes problemas podem resultar de trauma na mãe, genética, exposição a doenças ou infeções, ou vacinas.
A nutrição da fêmea grávida é incrivelmente importante. Nas últimas três semanas de gestação, os filhotes ganham aproximadamente 75% do peso ao nascer. Isso traduz-se em maiores necessidades nutricionais para a mãe. Se estas necessidades não forem satisfeitas, os filhotes podem morrer, resultando em natimortos e diminuição do número de filhotes sobreviventes.