A Alemanha alberga espécies raras incluindo:
- Mamíferos: Bisão-europeu, gato-selvagem, lontra, urso-pardo, lobo, lince.
- Aves: Águia-de-cauda-branca, águia-real, cegonha-preta, galo-da-serra.
- Répteis e anfíbios: Cágado-europeu, cobra-de-Esculápio, salamandra-de-fogo, sapo-verde.
- Insetos: Vaca-loura, rosália-alpina, borboleta-cobre-grande.
Muitas são protegidas em reservas devido a perda de habitat e mudanças climáticas.