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Protozoários e animais compartilham várias características fundamentais, embora difiram em aspectos importantes.
Células eucarióticas: Ambos têm células com núcleo e organelas delimitadas por membrana, diferente de bactérias e arqueas.
Nutrição heterotrófica: Nenhum grupo pode fotossintetizar. Ambos obtêm alimento consumindo outros organismos.
Motilidade: Muitos protozoários e animais movem-se usando cílios, flagelos ou contrações musculares.
Sensibilidade a estímulos: Ambos respondem a luz, químicos e contato físico.
Reprodução: Ambos podem reproduzir-se sexuadamente, introduzindo diversidade genética, embora alguns protozoários também reproduzam assexuadamente.
Animais são multicelulares, com tecidos, órgãos e sistemas de órgãos. Protozoários são unicelulares. Animais têm células especializadas como neurônios e células musculares, enquanto protozoários não. Desenvolvimento embrionário animal também é mais complexo.
Amebas movem-se com pseudópodes, algo como animais usam músculos. Paramecios usam cílios para movimento e alimentação, comparável a cílios em sistemas respiratórios animais. Apesar destas similaridades, protozoários não são ancestrais diretos de animais; ambos grupos divergiram de ancestral comum bilhões de anos atrás.