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Os morcegos geralmente têm um odor almiscarado e terroso produzido por substâncias químicas da pele, pelos e saliva. Esses odores auxiliam na comunicação, marcação de território e acasalamento. O cheiro pode ser forte em cavernas onde grandes colônias se abrigam. Alguns o consideram desagradável, enquanto outros o acham neutro ou até reconfortante.