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Não, flagelados vivendo em simbiose não prejudicam sempre o animal em que vivem. Na verdade, muitos flagelados envolvem-se em simbiose mutualística, onde ambos os organismos beneficiam da relação.
Vale notar que nem todas as interações envolvendo flagelados e animais são benéficas. Alguns flagelados podem causar danos como parasitas. No entanto, muitos flagelados envolvem-se em relações mutualísticas vitais que contribuem para a saúde geral, sobrevivência e sucesso ecológico de ambos os organismos.