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Como o DNA pode ser coletado de quase qualquer tecido corporal e o cabelo é facilmente obtido, o teste de DNA por cabelo tornou-se o método prescrito. Uma amostra de aproximadamente 30 a 50 fios com a raiz intacta é tudo o que é necessário para um teste de DNA por cabelo. Ao contrário do sangue, o cabelo não se deteriora rapidamente. Uma amostra de cabelo pode durar vários meses.
Puxar pelos da crina ou da cauda de um cavalo jovem para isolar o DNA do indivíduo envolvido é o primeiro passo. O DNA está contido nas células do folículo piloso e é composto por todos os cromossomos daquele indivíduo. Doze marcadores genéticos específicos são testados para obter um perfil, ou genótipo: a composição genética de um cavalo. Em cada um dos 12 marcadores, há um gene de cada pai. Um gene é correspondido ao pai e o outro à mãe para garantir que o par de genes realmente veio dos dois doadores. Se todos os 12 marcadores do cavalo original corresponderem aos doadores, a parentalidade definitiva é estabelecida.
Muitos registros de raça exigem parentalidade verificada através de teste de DNA por cabelo. Garanhões reprodutores, éguas expostas a mais de um garanhão em um período de 30 dias, período de gestação fora de uma faixa aceitável e potros resultantes de sêmen transportado ou congelado e transferência de embrião exigem verificação de pedigree. Segundo a American Paint Horse Association, qualquer cor ou tipo que não se encaixe nas leis aceitas de genética será obrigado a passar por tais procedimentos.
Coletar o cabelo para um teste de DNA é não invasivo para o cavalo e sem esforço para o proprietário. O proprietário precisa apenas puxar uma pequena amostra de cabelo da raiz, solicitar um kit ao registro de raça apropriado e preencher a papelada. A partir do momento em que um kit de teste é solicitado, uma amostra de cabelo coletada em tempo hábil e devolvida para teste em laboratório, a verificação de parentalidade levará aproximadamente 3 a 6 semanas.
Se testado através de um registro de raça, será cobrado $60. Esta taxa cobre o custo de laboratório de $40, bem como o custo do kit e taxas de registro através do registro. A maioria das associações de raça utiliza o Laboratório de Genética Veterinária da Universidade da Califórnia, Davis.