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Não há gene único responsável por todas mudanças de cor da pelagem do cavalo. Cor da pelagem resulta de interação complexa de múltiplos genes.
Genes-chave incluem Extensão (pigmento preto ou vermelho), Agouti (distribuição de pigmento), Creme (diluição), Dun (marcações primitivas), Champagne (diluição e cor dos olhos), e Gray (embranquecimento progressivo). Genes de padrão como Complexo Leopard e Sabino criam manchas e mesclas.
Entender cor da pelagem de cavalo requer saber combinação específica de alelos para cada gene. Esta complexidade torna genética de cor equina campo de estudo fascinante.