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As origens exatas das baleias ainda são objeto de pesquisa em andamento e investigação científica. No entanto, o consenso atual entre paleontólogos e biólogos evolutivos é que as baleias evoluíram de ancestrais terrestres, especificamente de um grupo de mamíferos de cascos conhecidos como mesoonquiano.
Os mesoonquianos eram um grupo diversificado de mamíferos carnívoros que viviam durante a época do Eoceno, cerca de 50 a 34 milhões de anos atrás. Esses animais habitavam florestas e eram um pouco semelhantes aos lobos ou ursos modernos, com corpos longos e membros relativamente curtos.
Com o tempo, alguns mesoonquianos começaram a se adaptar a um estilo de vida semi-oquático, possivelmente devido à abundância de recursos alimentares em ambientes aquáticos. Enquanto passavam mais tempo na água, seus membros gradualmente modificaram para se tornarem mais parecidos com pá, e seus corpos ficaram simplificados. Seus dentes também se transformaram, tornando -se mais adequados para pegar e consumir peixes e outras presas aquáticas.
Enquanto essas adaptações continuavam, alguns mesoonquiano passaram para criaturas totalmente aquáticas, dando origem a diversos grupos de baleias, golfinhos e botos que vemos hoje. Esse processo evolutivo é conhecido como cetaceanização.
É importante observar que as relações evolutivas exatas entre diferentes grupos cetáceos ainda estão sendo estudadas, e alguns aspectos das origens das baleias permanecem sujeitos de debate e investigação mais aprofundada. No entanto, o entendimento geral é que as baleias evoluíram a partir de mesoonquiano que habita na terra através de uma série de adaptações e transições graduais ao longo de milhões de anos.