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Procariontes são incrivelmente versáteis e prosperam em ampla gama de ambientes. Encontrados em todos habitats principais na Terra, dos oceanos mais profundos às montanhas mais altas, dos desertos mais quentes às regiões polares mais frias. Alguns adaptados a ambientes extremos como fontes termais ácidas, ventos hidrotermais de mar profundo e lagos hipersalinos.
Ambientes específicos incluem:
Solo: Procariontes impulsionam ciclagem de nutrientes e decomposição.
Água: Encontrados em oceanos, lagos, rios e lagoas, especialmente em camadas superficiais iluminadas.
Ar: Presentes em partículas de poeira e até atmosfera superior.
Ambientes extremos: Fontes termais, gelo polar, outras condições severas.
Dentro de outros organismos: Muitos vivem como simbiontes dentro de animais, plantas e microrganismos.
Procariontes são ubíquos e essenciais para funcionamento de ecossistemas.