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Cobre é um metal pesado, como ferro, chumbo e zinco. Embora os perigos do chumbo sejam mais divulgados, todos os metais pesados podem ser perigosos para animais. Cobre em níveis tão baixos quanto 5 partes por bilhão (ppb) pode destruir o olfato dos peixes, segundo Nathaniel Scholz do Northwater Fisheries Science Center em Seattle. Excesso de cobre causa mudanças de comportamento por danos sensoriais. Embora mais importante em peixes selvagens, o bem-estar dos habitantes do aquário deve ser considerado.
Útil como medicamento até 0,25 ppm para tratamento de íctio (infecção parasitária), o cobre é fatal a invertebrados que você queira manter vivos: caranguejos, caramujos, corais e anêmonas. Alguns peixes, como koi, acumulam cobre no sistema, podendo atingir níveis tóxicos fatais. A melhor forma de tornar o cobre seguro é monitorar os níveis na água e ajustar a química conforme necessário.