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Um pequeno tanque só com cascalho e um peixe dourado é mais difícil de manter limpo que um tanque maior e complexo. A limpeza pode ser simplificada e parcialmente automatizada com alguns elementos básicos.
Remove automaticamente partículas de resíduos puxando a água através de uma peneira que as retém. Devem ser removidas fisicamente do tanque periodicamente (enxágue o filtro) para que não se decomponham e dissolvam na água.
Caramujos e cascudos (catfish) limpam o aquário alimentando-se das algas em crescimento. Passam o tempo nas superfícies (rochas, paredes, plantas) limpando enquanto se movem.
Plantas reais ajudam a limpar o aquário. Nitratos na água resultam da oxidação de resíduos dos peixes por bactérias. Plantas reais usam esses nitratos como fertilizante, reduzindo seus níveis.