Ao comprar aquário marinho, deve ciclar ambiente no processo chamado ciclagem do nitrogênio. Ciclagem passa por quatro estágios: amônia, nitrito, nitrato e nitrogênio. Primeiro ciclo é extremamente tóxico e alguns corais cogumelo não sobrevivem às etapas seguintes. Conforme toxinas reduzem, corais cogumelo se estabelecem.
Ciclo do nitrogênio converte subprodutos biológicos e substâncias tóxicas em compostos inofensivos usando bactérias de rocha viva. Limpar tanque assim é ciclagem do nitrogênio, começando com estágio de amônia. Amônia entra através de organismos mortos ou resíduos de peixes e é tóxica a peixes e vida aquática como corais cogumelo. Rocha viva converte amônia a nitrito, menos tóxico que amônia. Daqui, nitrito convertido a nitrato. Composto inofensivo nitrato não danifica muito vida no aquário pois peixes e maioria plantas toleram altos níveis. Nitrato então convertido a nitrogênio e neste estágio leitura de amônia deve ser zero.
Ciclagem normalmente feita com peixes e cogumelos ou outra vida marinha já no tanque. Em cada estágio peixes podem mostrar sinais de sofrimento e alguns não sobrevivem passado estágio de amônia; mesmo para cogumelos. Após ciclagem completa, pode começar adicionar mais peixes e corais.
Há diferentes formas de cogumelos marinhos, cada com aparência diferente. Gêneros mais populares: actinodiscus, discosma, ricordea, corynactis, rhodactis e amplexidiscus. Corynactis California não tolera altos níveis de nitratos, embora ricordea e actinodiscus tolerem. Cogumelos aquáticos estressados podem flutuar ou se desprender da rocha viva.
Maioria dos cogumelos marinhos tolera níveis moderados de nitrato pois menos tóxico que nitritos ou amônia. Porém, alguns começam deteriorar se nitratos muito altos. Embora objetivo final seja ciclo do nitrato a zero, anything abaixo de 20 ppm deve bastar.